В 1628 году сельцо Фатырево(Фитарёво) на речке Фатыренке (Вздериножке) и Рылковом овраге — вотчина стольника, князя Савелия Ивановича Козловского. Далее оно переходит к его сыну, князю Григорию Савельевичу и внуку, Семёну Григорьевичу Козловским. Предположительно, до 1628 года Фитарёво входило в состав соседней Столбовской дачи. К 1619 году относится межа, учинённая между сельцом Сосенки Симонова монастыря и поместной землёй князя Ивана Мосальского, деревней Столбово, охватывает она и Фитарёво.

После князя Семёна Козловского Фитарёво переходит в руки разных владельцев — Шидловских, Юрьевых (1767 год), князей Цициановых и Репниных. В 1895 году принадлежит генерал-майору Фёдору Васильевичу Павлову. Бытует предание, что в 1812 году, при отступлении французов из Москвы, в Фитарёво ночевал маршал Ней и даже забыл свою шпагу и несколько черновых бумаг.

В 1920-е годы Коммунарка и Фитарёво были независимыми населёнными пунктами, которые находились на небольшом (в пределах одного-двух километров) расстоянии друг от друга. В 1930-е годы, когда началось создание большого совхоза, по всей видимости, посёлок Коммунарка поглотил Фитарёво. С 1960-х годов Коммунарка в литературе упоминается как полноценный посёлок городского типа.

Совхоз в 1920 году находился в деревне «Столбово» и назывался не «Коммунарка», а совхоз «Столбово». В 1925 году из ближайших имений «Тюляево» начали переносить в Фитарёво (где на тот момент находилось 6 домов) другие дома, постройки, скот — и данный район деревни стал называться совхоз «Фитарёво». Управляющий совхозом В. Г. Медведский рекомендовал переименовать данный совхоз в совхоз «Коммунарка», так как в доме под номером 8 размещалась детская Коммуна. В 1928 году был принят план индустриализации страны, и в 1930 году начали строить животноводческие фермы, молокозавод, больницу с роддомом, среднюю школу, клуб и жилые дома. В 1933 году со станции «Бутово» провели одноколейную железнодорожную ветку (разобрана, сохранились отдельные искусственные сооружения). В 1935 году посадили липовый парк, который сохранился и по сей день. В 1990-х годах, когда рухнула вся система совхозов и колхозов, в Коммунарке началась «личная» приватизация всего достояния.

К западу от посёлка Коммунарка находится сталинский расстрельный полигон, на котором в годы политических репрессий были убиты и захоронены тысячи человек.

Согласно Всероссийской переписи, в 2002 году в посёлке проживало 4723 человека (2152 мужчины и 2571 женщина).

C 2009 по 2015 годы в поселке построено или строится в настоящее время 79 домов (без учета ЖК «Новая Звезда»). По состоянию на февраль 2015 года сдано 54 дома (13682 квартиры).

В посёлке находятся Дом культуры «Коммунарка», Средняя общеобразовательная школа № 2070 (образована в 2013 году в результате слияния двух учебных заведений посёлка — МОУ «Коммунарская средняя общеобразовательная школа» и Коммунарский многопрофильный лицей № 1791, детский сад (центр развития ребёнка) № 27 «Семицветик», спортивный комплекс «Прометей», конный клуб «Нимб».

В начале 2015 года, в рамках строительства административно-делового центра, началось строительство здания префектуры ТиНАО. Закончить реализацию проекта административно-делового центра в Коммунарке городские власти планируют в 2025 году.

В последнее время посёлок стал активно застраиваться. Основными застройщиками Коммунарки являются группа компаний «МИЦ», концерн «КРОСТ», компания «Авгур Эстейт», фирма «Проминдустрия», компания «Масштаб».

Инфраструктура посёлка недостаточно развита. Застройщики соревнуются между собой лишь в строительстве жилого фонда, не уделяя должного внимания объектам инфраструктуры.

Строительство «транзитной» дороги от Калужского шоссе до Бутово (шоссе с шестью полосами) через Коммунарку вызывает недовольство среди населения посёлка. Против строительства «транзитной дороги» и вырубки 2713 деревьев и 5522 кустарников осенью 2013 года была организована акция сбора подписей под лозунгом «Транзиту нет!» и создан специальный сайт инициативной группы.

С Москвой Коммунарка связана автобусными маршрутами Мосгортранса № 882 от станции метро «Тёплый Стан» до микрорайона Эдальго и № 895 К от станции метро «Тёплый Стан» до остановки «ул. Липовый парк д.4», № 895 от станции метро «Тёплый Стан» до остановки «2-й микрорайон Южного Бутова», № 288 от станции Бутово до микрорайона Эдальго . Кроме того, до поселка можно добраться на маршрутных такси 1170 станция метро «Тёплый Стан» -станция метро «Бульвар Адмирала Ушакова», 895, 882.

В 2013 году центральная дорога посёлка переименована в улицу Александры Монаховой.

В 2014—2015 реконструкция была проведена с продлением дороги до района Южное Бутово. В результате улица была расширена с 2-х до 4-6 полос. 1 июля мэр Москвы Сергей Собянин принял участие в открытие дороги после реконструкции.

Закончилось проектирование и началась реконструкция Калужского шоссе, которую планируют закончить в конце 2016-го года.

В настоящее время идёт проектирование линии метрополитена от Третьего пересадочного контура (станция «Улица Новаторов») до административно-делового центра в посёлке Коммунарка. Всего в Коммунарку придут две линии метро. Там они образуют крупный транспортный узел. Новые станции Сокольнической ветки в Коммунарке запустят в конце 2018 — начале 2019 года, семь станций от проектируемой «Улицы Новаторов» Третьего пересадочного контура введут в эксплуатацию в 2020-м.